Il film racconta come i giovani fratelli Tartaruga, dopo aver trascorso diversi anni ad allenarsi nelle arti marziali, riemergano dal loro covo sotterraneo. Leonardo, Raffaello, Donatello e Michelangelo salgono in superficie dalle fogne per salvare la città di New York, minacciata da una banda di criminali, che detiene il controllo di ogni via e di ogni angolo della metropoli.